Obaveza primjene novog Pravilnika o doktorskim studijima nastupila je 1. listopada 2024., a prema članku 29., stavku 3. navedenoga Pravilnika. Od toga datuma primjenjuju se sve odredbe koje se u njemu nalaze i primjenjuju se na sve doktorande i ostale dionike koji se spominju u Pravilniku.

Iznimka su doktorandi koji su doktorski studij upisali prije 1. listopada 2024. i to samo u dijelovima koji izravno utječu na ostvarenje njihovih prava (npr. rokovi, obveze objave rada i sl.). Svoja prava i obaveze doktorandi upisani prije stupanja na snagu novoga Pravilnika ostvaruju i izvršavaju prema Pravilniku koji je bio na snazi u trenutku njihova upisa. Odredbe koje se tiču administrativnog postupka i nemaju izravan utjecaj na samog doktoranda (ne odnose se izravno na prava i obveze doktoranda), trebaju se u potpunosti poštivati kako je određeno novim Pravilnikom.