Organizacijska struktura EUREKA-e sastoji se od četiri glavna tijela:

Ministarska konferencija (Ministerial conference): Ministarska konferencija je političko tijelo kojeg čine po jedan resorni ministar iz svake zemlje članice EUREKA-e te povjerenik Europske komisije. Ministarska konferencija, koja se sastaje jednom godišnje, potvrđuje prihvat odobrenih projekata. Ministri također odlučuju o daljnjem razvoju programa EUREKA.

Grupa visokih predstavnika (High Level Group): sastaje se tri do četiri puta godišnje. Svaka zemlja članica EUREKA-e imenuje po jednog predstavnika za ovu grupu. Ona odlučuje o upravljanju programa i priprema rasprave o istraživačkoj politici za Ministarsku konferenciju. Visoke predstavnike imenuje ministarstvo nadležno za EUREKA-u.

Nacionalni koordinatori za projekte (National Project Coordinator): Nacionalni koordinatori za projekte su koordinatori administrativnih i promotivnih aktivnosti EUREKA programa u zemljama članicama. Oni su zaduženi za kontakte sa sudionicima i potencijalnim partnerima u projektima u pojedinoj zemlji članici, pomažu u osmišljavanju i razradi projektne ideje, daju informacije o mogućnostima financiranja, vode administrativne  poslove nacionalnih ureda i osmišljavaju i provode promotivne aktivnosti.  NPC grupa se sastaje  četiri do pet puta godišnje. Na sastancima se raspravljaju operativni problemi vođenja aktivnosti i pripremaju prijedlozi odluka koje treba raspraviti Grupa visokih predstavnika.

Tajništvo EUREKA-e u Bruxellesu središnja je potporna jedinica, koja upravlja EUREKA-inim bazama podataka, te je odgovorna za marketing, komunikacije i umrežavanje razvojnih aktivnosti.